Seit 2011 steht Pastor Dr. Ingo Habenicht als Vorsitzender der Geschäftsführung und des Stiftungsvorstands an der Spitze des Ev. Johanneswerks.

Von 1951 bis 1964 war Pastor Karl Pawlowski (1898-1964) Leiter und Geschäftsführer des Ev. Johanneswerks. Als junger Theologe kam Pawlowski 1926 nach Bielefeld und wurde bald ein wichtiger Gestalter der kirchlichen Sozialarbeit. 1945 berief Präses Koch ihn zum Leiter des Ev. Hilfswerks Westfalen. 1951 gründete er das Ev. Johanneswerk, in dem sieben evangelische Vereine und Stiftungen zusammenkamen, von denen einige schon auf eine lange Tradition zurückblickten. In den „Wirtschafts-wunderjahren“ erlebte das Ev. Johanneswerk unter Pawlowskis Leitung eine starke Wachstumsphase. Bis zu seinem Tod im August 1964 blieb er Geschäftsführer des Werks.